Sekitar tahun 929 Masehi, pusat kedatuan dipindahkan dari Jawa Tengah ke Jawa Timur oleh empu Sindok, yang mendirikan wangsa Isyana. Penyebab pasti dari perpindahan ini masih belum pasti. Sejarawan telah mengusulkan berbagai kemungkinan penyebab dari bencana alam, wabah epidemi, politik dan perebutan kekuasaan, hingga motif keagamaan atau ekonomi.
Menurut teori van Bemmelen, yang didukung oleh Prof. Boechari, perpindahan tersebut disebabkan letusan gunung Merapi yang parah. Sejarawan berpendapat bahwa, beberapa waktu pada masa pemerintahan Dyah Wawa dari Mataram, gunung Merapi meletus dan menghancurkan ibu kota Medang di Mataram. Letusan gunung Merapi yang besar dan bersejarah ini dikenal sebagai Pralaya Mataram atau bencana Mataram. Bukti letusan ini dapat dilihat di beberapa candi yang hampir terkubur di bawah abu Merapi dan puing-puing Merapi, seperti candi Sambisari, candi Morangan, candi Kedulan, candi Kadisoka, dan candi Kimpulan.
Studi terbaru menunjukkan, bahwa bergerak ke arah timur bukanlah peristiwa yang tiba-tiba. Selama periode Medang di Jawa Tengah, kedatuan kemungkinan besar telah berkembang ke arah timur, dan membangun pemukiman di sepanjang sungai Brantas di Jawa Timur. Lebih mungkin bahwa langkah itu dilakukan secara bertahap dalam jangka panjang. Penyebab perpindahan itu juga dimotivasi oleh berbagai faktor, baik alam, ekonomi atau politik. Prasasti Sangguran, berasal dari tahun 982 Masehi, ditemukan di Malang, Jawa Timur pada awal abad ke-19 , menyebutkan nama raja Jawa, Sri Maharaja Rakai Pangkaja Dyah Wawa Sri Wijayalokanamottungga, yang kemudian memerintah wilayah Malang. Ini menunjukkan bahwa pada masa pemerintahan Dyah Wawa, wilayah Malang di Jawa Timur sudah termasuk dalam wilayah Kerajaan Medang. Prasasti tersebut memuat unsur-unsur tentang pergeseran kekuasaan yang terjadi ke Jawa Timur.
Menurut prasasti Turryan, empu Sindok memindahkan ibukota ke Tamwlang dan kemudian memindahkannya lagi ke Watugaluh. Sejarawan mengidentifikasi nama-nama itu dengan daerah Tambelang dan Megaluh, dekat Jombang, Jawa Timur. Meskipun empu Sindok membangun dinasti baru atau wangsa Isyana, empu Sindok sangat terkait erat dengan leluhurnya di Bhumi Mataram, sehingga ia dianggap sebagai kelanjutan dari garis keturunan Raja Jawa yang membentang dari Sanjaya. Selama masa pemerintahannya, empu Sindok menciptakan cukup banyak prasasti, sebagian besar terkait dengan pembentukan tanah bebas pajak, prasasti-prasasti ini antara lain Prasasti Linggasutan, Prasasti Gulung-Gulung, Prasasti Cunggrang, Prasasti Jeru-Jeru, Prasasti Waharu, Prasasti Sumbut, Prasasti Wulig, dan Prasasti Anjuk Ladang.
Apa pun alasan sebenarnya di balik perpindahan pusat politik Medang dari Jawa Tengah ke Jawa Timur, peristiwa ini menandai akhir dari sebuah era kebesaran Syailendra di Mataram. Memang, aktivitas pembangunan candi telah turun-menurun sejak era Dyah Balitung dalam skala kualitas dan kuantitas, namun periode Jawa Timur kerajaan Medang, tidak meninggalkan jejak nyata dari struktur candi apa pun yang sebanding dengan era Syailendra di Jawa Tengah sebelumnya. Mungkin kerajaan Medang tidak lagi memiliki niat dan sumber daya untuk memulai proyek konstruksi skala besar.
Setelah 16 tahun masa perang, Sriwijaya berhasil mengusir penjajah Medang dan membebaskan Palembang. Serangan Medang membuka mata Maharaja Sriwijaya tentang betapa berbahayanya musuhnya tersebut. Sebagai balasan, ia berencana untuk membalas dan menghancurkan musuh besarnya itu, pada tahun 1016, atas dukungan Sriwijaya, Haji Wurawari memberontak pada kekuasaan Medang. Haji Wurawari adalah pemimpin wilayah bawahan pemerintahan Medang, pasukan Wurawari melancarkan invasi dari arah utara Lwaram untuk menghancurkan istana Medang yang saat itu tengah melangsungkan pesta pernikahan, serangan mendadak dan tak terduga ini terjadi selama upacara pernikahan putri Dharmawangsa dengan Airlangga, yang membuat pihak istana tidak siap dan terkejut yang berakibat pada peristiwa kematian besar raja beserta para kerabat raja di dalam istana.
Bencana ini dicatat sebagai Mahapralaya dalam Prasasti Pucangan, kematian dari raja Dharmawangsa serta hancurnya ibukota Wwatan di bawah tekanan militer Sriwijaya mengakhiri kerajaan Medang, dan membuatnya jatuh dalam kekacauan karena tidak adanya seorang penguasa tertinggi, para panglima perang di setiap provinsi, daerah dan pemukiman di Jawa Tengah dan Jawa Timur memberontak, dan melepaskan diri dari pemerintahan pusat Medang untuk membentuk daerah otonom atau pemerintahannya sendiri, selanjutnya perampokan merajalela, kerusuhan, kekerasan dan kejahatan lebih lanjut terjadi beberapa tahun setelah kejatuhan Medang hingga merusak situasi negara.